Я обычно подключаю js в head. Но в Bootstrap это всё подключается в конце... Наверное, в этом есть какой-то смысл? Может кто знает?
Ответ Лучше подключать JavaScript в конце, т.к. время загрузки скриптов можно потратить с пользой на оформление страницы, что собственно bootstrap и делает. Многие браузеры отрисовывают контент по мере загрузки страницы, и поместив подключение JS инклюдов в конец, мы тем самым ускоряем прорисовку стилей и всего что подключено до этого.